FIA技术因为受到技术***，仪器内部管路非常细，所以待检样品和反应试剂都需要进行繁琐的前处理工作，包括过滤、脱气等，否则会经常导致管路堵塞无法使用，既增加了大量的无用工作又违反标准规范要求。而SFA技术则因为技术上的优势避免了这些繁复的无用工作，样品和反应试剂无需各种前处理，内部管路通过性好，不会被颗粒和杂质堵塞。
FIA技术因为样品之间无间隔持续进样，导致前后样品相互干扰严重，影响检测精度；又因为FIA技术管路较短，对于需要消解的检测项目会发生严重偏离，并且浓度范围变小，无法检测高含量样品，SFA技术则不会发生上述情况。
FIA技术因为是不完全反应，所以存在检测精度低、检测稳定性差、操作自动化程度低等缺点，特别对于反应时间较长的检测项目的检测限偏高等各种技术缺陷。而SFA技术不存在这类缺陷。
SFA技术采用玻璃混合圈，价格低廉、寿命长、通过性好。FIA技术常采用的六通阀控制和LAS管路不耐老化，使用寿命短，后期维护成本高。
